Điều 10 Thông tư số 27/2011/TT-BNNPTNT quy định trình tự cấp đổi giấy chứng nhận kinh tế trang trại như sau:
1. Cá nhân, hộ gia đình hoặc người đại diện theo ủy quyền nộp 01 (một) bộ hồ sơ theo quy định đối với trường hợp đề nghị cấp mới hoặc đối với trường hợp đề nghị cấp đổi tại Ủy ban nhân dân cấp xã nơi trang trại sản xuất.
Đối với cơ sở sản xuất nằm trên địa bàn nhiều xã thì cá nhân, hộ gia đình tự quyết trong việc lựa chọn Ủy ban nhân dân cấp xã nào nộp hồ sơ cho thuận tiện nhất. Trường hợp cấp đổi, chủ trang trại nộp hồ sơ tại Ủy ban nhân dân cấp xã nơi đã thực hiện cấp Giấy chứng nhận kinh tế trang trại.
2. Ủy ban nhân dân cấp xã tiếp nhận hồ sơ khi có đủ giấy tờ theo quy định và phải được điền đầy đủ thông tin vào Đơn đề nghị cấp, cấp đổi giấy chứng nhận kinh tế trang trại. Sau khi tiếp nhận hồ sơ, Uỷ ban nhân dân cấp xã phải trao Giấy biên nhận cho người nộp hồ sơ trong đó ghi rõ ngày hẹn trả kết quả.
3. Trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Ủy ban nhân dân cấp xã kiểm tra, xác nhận Đơn đề nghị cấp, cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại và chuyển hồ sơ đề nghị cấp, cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại đến Ủy ban nhân dân cấp huyện.
Trường hợp không xác nhận Đơn đề nghị cấp, cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại, Ủy ban nhân dân cấp xã phải trả lời bằng văn bản nêu rõ lý do cho người nộp hồ sơ trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
4. Ủy ban nhân dân cấp huyện thực hiện cấp, cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại cho cá nhân, hộ gia đình trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ từ Ủy ban nhân dân cấp xã chuyển đến, nếu có đủ các điều kiện sau đây:
a) Đầy đủ hồ sơ theo quy định;
b) Thỏa mãn tiêu chí xác định kinh tế trang trại.
Giấy chứng nhận kinh tế trang trại sau khi cấp được chuyển đến Ủy ban nhân dân cấp xã và trả cho chủ trang trại trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận kinh tế trang trại. Trường hợp không cấp, không cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại, Uỷ ban nhân dân cấp huyện phải gửi văn bản cho Ủy ban nhân dân cấp xã, trong đó nói rõ lý do để thông báo cho người nộp hồ sơ.
5. Nếu sau 13 ngày làm việc, kể từ ngày nộp đủ hồ sơ mà không nhận được Giấy chứng nhận kinh tế trang trại hoặc không nhận được thông báo không cấp, cấp đổi giấy chứng nhận kinh tế trang trại thì người đề nghị cấp, cấp đổi giấy chứng nhận có quyền khiếu nại theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo.