Tại Điều 27 Thông tư số 14/2016/TT-BNNPTNT ngày 02/6/2016 của Bộ trưởng Bộ NNPTNT Quy định về vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh động vật qui định về hồ sơ đăng ký:
Chủ cơ sở lập hồ sơ đăng ký chứng nhận an toàn dịch bệnh và nộp 01 (một) bộ hồ sơ trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu điện hoặc thư điện tử (email) đến Cơ quan thú y theo quy định tại Điều 3 của Thông tư này. Hồ sơ gồm:
a) Đơn đăng ký (Phụ lục VIa);
b) Báo cáo điều kiện cơ sở an toàn dịch bệnh động vật trên cạn (Phụ lục IIa) hoặc Báo cáo điều kiện cơ sở an toàn dịch bệnh động vật thủy sản (Phụ lục VII);
c) Báo cáo kết quả giám sát được thực hiện theo quy định tại Điều 8 hoặc Điều 21 của Thông tư này;
d) Bản sao kết quả kiểm tra, phân loại cơ sở còn hiệu lực (nếu có) theo quy định tại Thông tư số 45/2014/TT-BNNPTNT ngày 03/12/2014 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định việc kiểm tra cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông nghiệp và kiểm tra, chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm (sau đây gọi chung là Thông tư số 45/2014/TT-BNNPTNT);
đ) Bản sao Giấy chứng nhận VietGAHP (đối với cơ sở chăn nuôi động vật trên cạn) hoặc VietGAP (đối với sản xuất giống, nuôi động vật thủy sản thương phẩm) còn hiệu lực (nếu có)