Theo quy định tại Nghị định số 154/2016/NĐ-CP ngày 16/11/2016 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải thì các cơ sở sản xuất thuộc đối tượng quy định tại Khoản 2 Điều 2 của Nghị định số 154/2016/NĐ-CP có trách nhiệm kê khai, nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp (trường hợp các tổ chức, cá nhân xả nước thải vào hệ thống xử lý nước thải tập trung và trả tiền dịch vụ xử lý nước thải thì không phải nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải). Việc kê khai nộp phí được chia theo hai nhóm đối tượng cụ thể:
- Trường hợp lưu lượng nước thải phát sinh trung bình trong năm tính phí < 20m3/ngày đêm thì chỉ phải thực hiện kê khai và nộp phí cố định hàng năm (theo quy định tại Khoản 2, Điều 6 Nghị định số 154/2016/NĐ-CP) một lần với số tiền 1.500.000 đồng cho cả năm theo thông báo của cơ quản quản lý nhà nước về môi trường và thời hạn nộp phí không muộn hơn ngày 31 tháng 3.
- Trường hợp lưu lượng nước thải trung bình trong năm tính phí ≥ 20m3/ngày đêm thì ngoài số tiền phí cố định cho cả một năm là 1.500.000 đồng thì đơn vị phải thực hiện kê khai và nộp phí biến đổi định kỳ theo hàng quý. (quy định tại Khoản 2 Điều 7 Nghị định số 154/2016/NĐ-CP và Doanh nghiệp phải kê khai theo biểu mẫu số 02 ban hành kèm theo Nghị định số 154/2016/NĐ-CP).